Глава администрации Краснодара, Евгений Наумов, утвердил проект застройки зеленой зоны на набережной в Юбилейном микрорайоне, где планируется возвести храм. Это решение потребовало изменения генплана города, что стало причиной протестов местных жителей. Копия подписанного документа была опубликована активисткой Яной Антоновой, в которой указано размещение собора Пресвятой Богородицы в границах ранее рекреационной зоны.
Когда властями города впервые было предложено строительство храма в 2021 году, местные жители активно выступали против, ссылаясь на положения генплана. В августе 2024 года началась подготовка участка под храм, губернатор Кубани Вениамин Кондратьев подтвердил, что «храму быть». В конце сентября проект изменений в генплан был представлен, и участок на набережной был определен как «зона религиозного использования».
Жители микрорайона пытались выразить свое недовольство посредством митингов, однако мэрия не согласовала их проведение. Протесты были перенесены на окраину города. Также активисты столкнулись с давлением со стороны властей: были задержания за сбор подписей против строительства, а активистам раздали предупреждения. Тем не менее, новый генплан был принят большинством голосов депутатов городской думы, несмотря на протесты.